Sự thành công của chiến tranh Vùng Vịnh đã tạo ra nhiều cơ hội mới cho việc hòa giải ở Trung Đông. Tháng 10 năm 1991, dưới sự bảo trợ của Hoa Kỳ và Liên bang Xô viết, các cuộc đàm phán hòa bình được tổ chức ở Madrid, Tây Ban Nha, nơi mà Israel và nhiều quốc Ả Rập đã đàm phán song phương trực tiếp nhằm tìm kiếm một giải pháp hòa bình, giải pháp hòa bình dựa trên Nghị quyết 242 và 338 của Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc (và 425 về Liban) cùng với việc tìm kiếm hòa bình cho Liban, Jordan, Syria. Đại diện Palestine đã đàm phán cho đến thỏa thuận Oslo giữa Israel và Palestine được ký vào tháng 9 năm 1993. Jordan và Israel đã ký một thỏa thuận vào tháng 10 năm 1994. Tháng 3 năm 1996, Syria và Israel mở một cuộc đàm phán khác ở Madrid; vấn đề Liban tiếp tục được đưa ra.

Trong thời gian này, Israel chiếm đóng quân sự 10% khu vực phía Nam Liban, gọi là "Vành đai An ninh Nam Liban". Đáp lại, phong trào Hezbollah với sự hậu thuẫn của Syria và Iran đã tiến hành chiến tranh du kích chống lại Israel để giành lại khu vực bị chiếm đóng. Vào năm 1990, quân Israel đã đốt cháy những khu vườn ô liu để "tiêu diệt quân du kích Hezbollah".[24] Quân đội Israel đã đặt khoảng 130.000 quả mìn trên toàn bộ khu vực, làm cho việc chăn nuôi gia cầm nguy hiểm.[24] Khi căng thẳng tăng lên, năm 1993, thủ tướng Israel Yitzhak Rabin đưa ra "Chiến dịch Trách nhiệm" nhằm giảm số quân Hezbollah, phá hủy các căn cứ của nhóm này và buộc dân thường phải chạy trốn lên Bắc Liban.[25] Vào đầu tháng 4 năm 1996, Israel tiến hành hoạt động quân sự "Chùm nho thịnh nộ" để trả đũa vụ Hezbollah tấn công một căn cứ Israel ở Nam Liban. Cuộc xung đột xảy ra trong 16 ngày khiến nhiều người dân phải bỏ nhà cửa. Vào ngày 18 tháng 4, một số tên lửa Israel đã tấn công một trại tị nạn, giết chết 102 người sống ở đó.

Trong suốt những năm 1990, sự bất mãn đã xảy ra ở Israel về việc nước này chiến đóng một phần Liban. Sự bất mãn tăng lên do một vụ tai mạn máy bay trực thăng năm 1997 làm 73 binh lính Israel thiệt mang do Liban. Ehud Barak tranh cử thủ tướng Israel bằng việc tuyên bố sẽ rút quân khỏi Liban. Vào ngày 28 tháng 6 năm 1999, Farid Abboud, đại sứ Liban tại Hoa Kỳ đã dự Hội thảo các vấn đề Thế giới Los Angeles[26] mong muốn tìm thấy một giải pháp hòa bình.[27] Cuối cùng, ngày 23 tháng 5 năm 2000, quân đội Israel rút quân khỏi Nam Liban và thung lũng Bekaa, chấm dứt 22 năm chiếm đóng. SLA sụp đổ và khoảng 6.000 thành viên SLA và gia đình họ trốn khỏi đất nước, mặc dù đã có hơn 2.200 người đã trở lại vào tháng 12 năm 2001. Với việc rút quân của Israel, nhiều người ở Liban bắt đầu kêu gọi xem xét sự hiện diện của quân đội Syria, ước tính vào cuối năm 2001 khoảng 25.000.

Việc phá hủy cơ sở hạ tầng do Israel gây ra, đặc biệt là hệ thống nước, đã tàn phá Nam Liban. Chính phủ Liban đã vay Quỹ Ả Rập, Quỹ Kuwait và Hội đồng Phát triển và Tái thiết 50 triệu đô la Mỹ để xây dựng lại mạng lưới nước, và 63 triệu đô la Mỹ để xây dựng lại các trường học, bệnh viện và cơ sở hạ tầng bị phá hủy.[24]